Толщина объекта для прямых микроскопов плоского поля имеет определенные ограничения, что связано с рабочим расстоянием объективов. Для инвертированных (перевернутых) микроскопов толщина объекта не играет большой роли. На них можно исследовать габаритные объекты или объекты, расположенные в специальной посуде (чашках Петри, колбах). Кроме того, на инвертированных микроскопах можно производить работы с объектом при помощи специальных устройств — манипуляторов.